Felújítási áfa elszámolása

A kft. értékesíti telephelyét (családi ház). 2001-ben vásárolta magánszemélytől. 2006-ban, 2009 és 2015-ben a felújítások áfáját levonta, de nem választotta az ingatlanértékesítés áfakötelessé tételét. Az eladás áfa nélkül történt. Kell-e levonható áfát arányosan visszafizetni a 20 év figyelési időszak miatt? Sajnos a felújítási számlák egy része már selejtezésre került. Ilyenkor mi a teendő?