Átalánydíjas számlák kezelése

Tisztelt Szakértő, az alábbi témában kérem segítségét. Egy kft. havi átalánydíjas szolgáltatást nyújt ügyfeleinek, havi kb. 250-300 db számla. Sokan állandó megbízásként utalnak, nem várják meg a számlát, nincsen a banki kivonaton hivatkozás. Az ügyvezető nem írja rá a kivonatra, melyik ügyfél, melyik számláját utalta el, sok esetben vannak elmaradások, valamint összegbeli eltérések is. Hogyan tudom ezt megfelelően kezelni a könyvelésben?