Be nem fizetett áfa beszedése

Tisztelt Szakértő! Egy kft. munkát rendelt áfás egyéni vállalkozótól. Szerződéssel, teljesítésigazolással dokumentált munka után a kft. a befogadott számlát kifizette az egyéni vállalkozónak, majd a számlán szereplő áfát bevallotta, és levonásba helyezte. A kft. kapcsolata több éves az egyéni vállalkozóval, akit a NAV információs felületén folyamatosan ellenőriz (egyéni vállalkozók nyilvántartása, nagy összegű adóhiányosok adatbázisa) problémát a szűrőrendszer nem jelzett. A NAV ellenőrzést folytatott az egyéni vállalkozónál több évre visszamenőleg ahol rendben találta a kibocsátott számlákat, az áfabevallását, "csupán" egy hibát talált, nem fizette be az áfát. Ezt a több éves költségvetési kárt, amit az egyéni vállalkozó okozott, most a vele kapcsolatban álló kft.-vel kívánja megfizettetni egy adóellenőrzés kapcsán, annak következményeivel (mulasztási bírság, késedelmi pótlék) együtt. Mit tehet a kft. az ellenőrzés túlkapásával szemben? Válaszát köszönöm!