Építőipari teljesítés el nem ismerése

Tisztelt Szakértő! Adott egy építőipari kivitelezéssel foglalkozó cég. Jelen esetben az alvállalkozó. Megrendelő kiadta a munkát fővállalkozónak, fővállalkozó pedig alvállalkozónak. Alvállalkozó kiállította a számlát teljesítésről (teljesítési igazolás nélkül) fővállalkozónak. Fővállalkozó később minőségi kifogás miatt a számlát nem egyenlítette ki, viszont részkiegyenlítés történt. Fővállalkozó teljesítési igazolás alapján a munkát kiszámlázta megrendelő részére, megrendelő a számlát ki is fizette. Minőségi kifogást nem állított. Kérdésem, mit tehet az alávállalkozó teljesítési igazolás hiányában, hogy tudja a követelését érvényesíteni? Gondolom, hogy a bírósági eljáráshoz erre szükség lenne. Segíthet-e az a tény, hogy megrendelő fővállalkozónak elismerte a teljesítést nem támasztott minőségi kifogást? Nem kellene-e a fővállalkozónak valamivel alátámasztani a minőségi kifogását? Fővállalkozó elérhetetlen. Mi a módja, hogy a számla könyvelésből történő kivezetésének, áfa esetleges visszaigénylésének?