Törölt adószámmal történt számlázás

Tisztelt Szakértő! Az alábbi ügyben szeretném a segítségét kérni: Egy kft.-nek egy egyéni vállalkozó szolgáltatásról számlákat állított ki, ténylegesen elvégzett tevékenységről, 2019. július óta. Most derült ki, hogy az egyéni vállalkozó korábban két hónapig volt katás egyéni vállalkozó, de az adószámát már törölték, vagyis már egyáltalán nem vállalkozó, de alanyi mentes katásként ezután is tovább számlázott. A kft. a számlákat befogadta és kiegyenlítette, mivel a teljesítések megtörténtek. Szeretnénk ezt a helyzetet rendezni. Én úgy gondolom, hogy havonta megbízási díjként le kell számfejteni a 10% költséghányad figyelembe vételével. Mivel a minimálbér 30%-át meghaladja az összeg, így járulékot is kell vonni az szja mellett. És természetesen a költséggel csökkentett összeg után meg kell fizetni a szochót és a szakképzési hozzájárulást. A T1041-en pedig be kell jelenteni. A kérdésem az lenne, hogy ez így helyes-e? Esetleg van-e arra mód, hogy a tőle levont járulékokat a NAV tőle kérje? Esetleg van-e bármi más módja a helyzet rendezésének?