Átalányadózó vállalkozó számlája skontó, garanciális visszatartás esetén

Tisztelt Szakértő! Kell-e, illetve mikor kell a teljes 1 000 000 forintot jövedelemnek tekinteni abban az esetben, ha egy építőipari átalányadózó egyéni vállalkozó nettó 1 000 000 forintot számlázott szolgáltatását 5 százalékos garanciális visszatartás, valamint 3 százalék skontó levonása mellett egyenlítik csak ki? A skontót a vállalkozás nem számlázza partnerének. A garanciális visszatartás 3 évre szól. Válaszukat előre is köszönöm!