Áfás vagy nem áfás?

Tisztelt Szakértő! Egy kft. még alanyi adómentes státuszban, áfa nélkül alkatrészeket számlázott ki egy magánszemély felé. Minőségi kifogás miatt az áru egy részét visszavételezte, amiről jóváíró számlát állítana ki. Azóta azonban a cég átlépte az alanyi mentességre jogosító bevételi határt, tehát már áfakörös. Ebben az esetben a jóváíró számlát már áfatartalommal kell kiállítani? (Én azt gondolnám, hogy igen, ugyanakkor mintha ezzel előnyhöz jutna a vállalkozás, hiszen olyan áfát vonhat le, amit nem fizetett meg.) Köszönettel várom válaszát!