Törölt adószámos számla befogadása

Tisztelt Szakértő! Építőipari kft. 2016. június elején megállapodott egy alvállalkozóval egy adott építőipari munka elvégzésére. Akkor leellenőrizve az alvállalkozói cég rendben működött. 2016 júliusától több fordított adózású számlát állított ki ez az alvállalkozó. Utána sajnálatos módon nem ellenőriztük a céget, és utólag kiderült, hogy 2016. június 22-ével törölték a cég adószámát. Az építőipari cég áfabevallásaiban benne vannak a fordított adózású számlák, mivel a munkát az alvállalkozó ténylegesen el is végezte. Mit lehet ilyen esetben tenni? Maradhatnak a számlák a könyvelésben, vagy esetleg egy önellenőrzéssel célszerű lenne kivenni a bevallásokból? Ha benne marad a számla, a cégnek keletkezhet a fordított adózású számla miatt fizetendő áfája? Az alvállalkozó állítása szerint a NAV vissza fogja állítani az adószámát, mert csak feléjük volt tartozása, és részletfizetéssel mindent rendbetesz. Ez lehet visszamenőleges hatályú, vagy csak az adott naptól lesz újból jogosult számlakiállításra?