Egyenes vagy fordított áfa?

Tisztelt Szakértők! Kérdésem arra vonatkozik, hogy egyenes vagy fordított áfás a számlázás? A szolgáltatás építési-szerelési munka, hatósági engedélyköteles, a megrendelő önkormányzat alanyi adómentes státuszú, az adó alanyának nem minősül, jogállása alapján az adó fizetése tőle nem követelhető. Az adóhatóság ellenőrzést tartott a kft.-nél, amely nem fővállalkozó, közvetlenül nem a megbízó önkormányzatnak számláz, és neki is számláznak alvállalkozók. A fenti munkához kapcsolódóan mindenki egyenes adózású számlát állított ki, mivel a megrendelő nem alanya az áfának. A revízió megállapította, hogy mind a kimenő, mind a bejövő számlákat fordított áfásan kellett volna kiállítani. Adóhiányt állapított meg a bejövő számlák levonása miatt. A kimenő számláknál viszont elfogadta a felszámított áfát, nem módosította a bevallásban szerepeltetett fizetendő összeget. Kérdésünk: hogyan lehet a kimenő számlákat helyesbíteni, mivel ez ellenőrzéssel lezárt időszak, de az adóhatóság az adózó javára írandó áfa összegét nem állapította meg. Köszönettel.